Enrique Alfaro dejó el Gobierno de Jalisco el 6 de diciembre, su gestión cerró con un balance polémico, durante su administración se combinaron relaciones empresariales señaladas por favorecer proyectos privados que transformaron el desarrollo urbano en el Área Metropolitana de Guadalajara, agregando episodios de tensión con sectores sociales, cuestionamientos sobre el uso de la fuerza pública y un incremento sostenido de la violencia.
A lo largo de su sexenio se le señaló de estar relacionado con el Cartel Jalisco Nueva Generación, diversas organizaciones civiles lo acusaron de estar detrás de desapariciones, fosas clandestinas y crisis forense, así como confrontaciones públicas que marcaron su estilo político. Académicos y periodistas coinciden en que su Gobierno mostró rasgos autoritarios y una relación compleja con la ciudadanía crítica.
Desde sus primeras incursiones en el PRI hasta su ascenso con Movimiento Ciudadano— estuvo acompañado de rupturas internas y episodios controvertidos. Finalmente, tras gobernar Jalisco desde 2018, anunció que se retirará temporalmente de la vida política para estudiar dirección técnica de futbol en España.
En seguridad, cifras oficiales muestran que durante su mandato los homicidios y delitos de alto impacto se mantuvieron en niveles preocupantes, según revisiones periodísticas y académicas. Para analistas, Jalisco terminó el sexenio con una profunda crisis en desapariciones y con retos estructurales que no lograron resolverse
Según la última encuesta de Mitofsky, publicada el 6 de mayo, Alfaro se posicionaba en el lugar 28 en el ranking de aceptación y aprobación con 40.4 puntos a favor, con un 58.5 por ciento desfavorables.
En marzo de 2011 se dio a conocer que Alfaro, como Alcalde de Tlajomulco, había viajado en un jet privado junto al presidente del Instituto Electoral y de Participación Ciudadana (IEPC), Tomás Figueroa Padilla, el consejero electoral, Víctor Hugo Bernal y su hermano, Omar Bernal, director administrativo de Tlajomulco, y Willy Saavedra, director de Cultura y Deporte de este municipio, con el fin de visitar al cantante Silvio Rodríguez.
La trama se complicó aún más cuando se dio a conocer que el piloto de la aeronave fue Francisco Jaime Madrid Sánchez, quien en 2002 había sido sentenciado por narcotráfico.
En 2019, en su primer año como Gobernador se registraron 2,751 homicidios en Jalisco, de los cuales, 1,165 se cometieron con arma de fuego. En 2020 los índices criminales en Jalisco no decrecieron y por el contrario se contabilizaron 2,626 crímenes, 2,000 de ellos con arma de fuego. En 2021 el Secretariado Ejecutivo del Sistema Nacional de Seguridad Pública reportó 2,740 homicidios, de estos, 1,115 ocurrieron con arma de fuego. En 2022, Jalisco reportó 2,071 homicidios, de los cuales 917 fueron con arma de fuego.
